Als die Legion of Doom unter Lex Luthors Führung in Supermans Festung der Einsamkeit eindringt, um etwas zu stehlen, geraten die Schurken durch ein Missgeschick auf die Insel der Monster, Skull Island. Toyman wünscht sich mit einem magischen Stein Godzilla, King Kong und andere Monster ins DC Universum, um die Helden der Justice League endlich zu vernichten.
Jetzt muss die Liga also das Universum vor den Monstern retten und diese auf ihre Heimatwelt zurückbringen.